二周目并未新增独立的地图区域，但通过特定剧情解锁了对战开拓区这一扩展内容。通关后玩家会获得船票，乘坐游轮从凯那市或水静市出发前往对战开拓区，该区域包含多个特殊战斗设施，如战斗塔、战斗工厂等。虽然对战开拓区在地理上仍属于丰缘地区，但其功能性和玩法与主线地图存在明显差异，可视为游戏后期的核心挑战内容。
二周目的地图变化主要体现在部分区域的开放条件调整。例如野生原野区的第5、第6区域需击败四天王后才会开放，这些区域分布着其他世代的宝可梦。天空之柱在二周目成为可探索区域，玩家需要在此唤醒裂空座以推进剧情。这些区域在一周目已存在于地图中，只是二周目才解除访问限制，并非真正意义上的新增地图。
日文正版游戏通过官方活动会开放特殊岛屿地图，如诞生岛、南方小岛等，这些区域用于捕捉裂空座、固拉多等传说宝可梦。但这类地图需要通过任天堂官方配信活动解锁，在常规游戏流程中无法自然获取。部分改版游戏如漆黑的魅影自行添加了这些岛屿地图，但这不属于原版游戏设计范畴。
二周目新增的交通方式也改变了地图探索体验。获得船票后，游轮成为连接丰缘地区与对战开拓区的主要途径，这种跨区域移动方式在一周目并不存在。红蓝水都（拉帝亚斯和拉帝欧斯）会在丰缘地区随机出现，这种动态遭遇机制为地图探索增添了不确定性，但并未改变基础地图结构。
绿宝石二周目主要通过开放隐藏区域和调整探索机制来丰富游戏内容，而非直接扩充地图版图。对战开拓区作为最重要的新增玩法区域，其设计理念更偏向功能扩展而非地理扩展。玩家若想体验完整内容，需要关注剧情触发条件和特殊事件安排，这些要素共同构成了二周目区别于一周目的地图探索体验。
