迷失岛2是一款非线性剧情推进式的点触解谜游戏，玩家需要通过探索岛屿、收集线索、解开谜题来揭开小岛隐藏的秘密。游戏采用复古魔性的2D手绘画面，包含丰富烧脑的益智谜题和脑洞大开的神秘剧情。游戏设置有二周目玩法，并融入众多科幻电影和书籍彩蛋，让玩家在解谜过程中逐步了解这座小岛不为人知的历史。
游戏开始后，玩家会在一间陌生房间醒来，首先需要点击画板临摹图案，这个图案是后续解谜的重要线索。走出房间来到客厅，与老奶奶对话获取关键信息：需要找到信箱钥匙获取船票，楼上有时光机器，工厂门有机关等。在房间内可收集火柴和蓝莓等物品，通过壁炉后的机关开启二楼通道。二楼黑板上的图案和日记本中的钥匙都是推进剧情的关键道具。
获得船票后前往码头，与检票员对话得知灯塔密码为北南西东东北，进入灯塔后需要解决多个谜题。在三楼完成类似魔方的游戏点亮灯塔，获取异形钥匙后关闭一楼电源，在二楼通风口取得摇杆。码头的小男孩任务需要提供蓝色羽毛和灯泡，完成可获得白色贝壳。工厂区域的解密较为复杂，需要根据外星人提供的线索打开编号09的房间，通过排列组合石板获取鲁特琴和时间石块。
时间机器的操作是游戏核心玩法之一，需要放入两块时间石块并根据工厂陈列室线索与笔记本密码对照启动。在过去与现在两个时空中穿梭时，需注意收集蓝珠子、石饼等物品，完成拼图获取绿色药水。神殿区域的解密需要还原漂流瓶中的图案，每个玩家的图案可能不同。火箭发射环节需将异形块放入指定位置，破解休眠仓密码与宇航员对话。最终将蓝色能量块放入飞船一楼即可完成任务。
游戏中的解谜要素环环相扣，NPC对话包含重要线索，建议仔细阅读。每个场景都可能隐藏着关键道具或谜题提示，需要玩家保持耐心和观察力。二周目玩法提供了新的挑战和剧情内容，部分谜题在二周目会有变化，增加了游戏的可玩性。游戏成就系统记录了玩家的探索进度，完成全部成就能获得更完整的故事体验。
